Првите активности на Музеј на град Скопје од областа на археологијата се врзуваат веднаш по неговото основање. Така во периодот 1950-1953 година се вршат првите сондирања и рекогносцирањата на населби и некрополи во Скопскиот регион. Овие сондирања биле вршени од страна на тогашниот Археолошки музеј на Македонија и Музеј на Град Скопје под раководство на М. Грбиќ, а во кои учествувале и Б. Јосифовска, Б. Алексова и П. Гоцкова-Славска. Во таа прилика се вршени сондирања на Скопската Тврдина Кале, Скопје, Исар-Студеничани и Градиште-Нерези, како и на повеќе неолитски населби. Меѓу нив Музеј на град Скопје врши истражувања на неолитските населби Слатина Зелениково (1982) и Церје Говрлево (1981) каде што се уште се во тек.

Во текот на шеесеттите и седумдесеттите години на овие локалитети повторно се организирани, сега веќе сондажни ревизиони ископувања. Од нив најобемни сондирања се вршени на Кале, Скопје во 1967 и 2007 и 2009 година.

            Повремени интервенции или ископувања на некрополи од периодот на железното време се вршени во повеќе наврати. По еден случајно откриен гроб уште во 1929 година на некрополата Дубиче кај селото Волково, ископувања се вршени во неколку наврати (1952, 1954, 1962 и 1985). Во педесеттите години Музеј на град Скопје откупил повеќе бронзени предмети од локалитетот Градиште, Бразда, но на локалитетот не се извршени истражувања.

            Истражувањето на античкиот град Скупи, Музеј на град Скопје го отпочна во 1959-60 година со истражување на римскиот театар. Од 1966 година до денес, со мали прекини, на Скупи се работи со планирани, систематски археолошки истражувања.

            Освен централното градско подрачје Музејот отпочнува со систематски истражувања на југоисточната некропола во 1970-1971 година. На истата некропола заштитни истражувања се реализирани и во 1973-74, 1976, 1994, 1996, 1998 и 2008 година. Од 1990 до 2007 година со прекини се вршат систематски археолошки истражувања и на северозападната некрополата.

Во текот на 1993 година сондирања се вршени на некрополата Село (Ограда) во Орешани, во 1994 година на некрополата Круша, Средно Нерези, додека во три наврати (1995, 2000 и 2006) е ископувана некрополата Пржали кај Варвара. Освен овие кратки истражувања се вршени и на некрополите Уши Пинтија (1994), Кочкова Населба (1995) и Римска Бања (2006) кај Катланово.