Одделението за историја на уметноста своите почетоци ги бележи во 50-те години на минатиот век. Во следните две децении бројот на музејскиот кадар постепено се зголемувал, а паралелно се збогатувале и музејските збирки со раритетни артефакти. Со промена на административниот простор на Музејот во реадаптираниот простор на старата железничка станица, во 1970 година се реализира и првата изложба која е поврзана со дејноста на одделението, насловена како “Средновековното сликарство во скопската околија низ фреско - копии”. Во годините кои следат, значајно е да се напомене дека брзо се развивала и изложбената и галериска дејност, а континуирано се работи и на стручни истражувања и теренски евидентирања на сакралните христијански и османлиски градби во Скопје и околината. Заради широката временска рамка која ја опфаќа одделението за историја на уметноста, поделено е на неколку оттсеци:

-          Период од VII до крај на XVIII век

-          Османлиски период

-          Период на преродба - XIX век

-          Период за модерна и современа уметност.

Иако во отсеците се застапени различни форми на музејска активност во зависност од материјалот со кој располагаат, сепак нивна заедничка одлика е евидентирање, собирање, документирање, стручна и научна анализа на музејскиот материјал, како и негово публикување и презентирање.