Конституирањето на новата држава и воведувањето на повеќепартискиот систем наложи формирање на нова музејска збирка. Во рамките на историското одделение 90-те години е формирана Збирката на предмети од најновата историја на Скопје  која опфаќа материјали поврзани со историјата на градот почнувајќи од 1991 година, од осамостојувањето на Република Македонија. Основа на новата збирка е бројниот материјал од предизборни кампањи од парламентарните, локалните и претседателските избори, и референдумите. Дел од материјалот се програми на партии и кандидати, флаери, плакати, летоци, како и промотивен материјал за истите.