Историското одделение се оформува од основањето на Музејот, постепено со зголемување на бројот на историскиот материјал собиран по пат на откуп и теренски истражувања. Особен развој бележи откако Музејот бил сместен во зачуваниот дел од објектот на Железничката станица.

Одделението ја проучува историјата на градот Скопје и неговата околина во периодот од VII век до денес. Ги следи настаните поврзани за историјата на градот, потпирајќи се на бројните историски податоци од материјалното и духовното наследство на Скопје низ вековите, врши рекогносцирање и истражување на подрачјето на градот и неговата околина, и надвор од неа каде што евентуално има индиции дека има музејски материјал кој се однесува на историјата на Скопје. Разноликоста на збирките и бројноста на музејските предмети, доведуваат до квалитетно презентирање на историјата на градот Скопје и скопско.

Прва документирана изложба на одделението е изложбата насловена “Скопје во НОБ”, отворена на 13 ноември 1964 година.

Во шеесетите години во Музејот постоело одделение “26 јули 1963” кое прибирало материјали кои се однесувале на земјотресот и последиците од него и предмети од Средбите на солидарноста кои се организирале во Скопје од 1964 година. Материјалите биле добиени од Комитетот за организирање на меѓународната манифестација “Средба на солидарноста”. Во изминатите 60 години историското одделение има реализирано 44  историски изложби од самостоен и групен карактер. Дел од изложбите се поставувани и надвор од Музејот, во сродни институции и во училиштата во градот.

Издавачката дејност на одделението е претставена преку каталози, диплијани и плакати печатени по повод историските изложби. Бројни се и стручните текстови објавени во музејските и други списанија од областа на културата, но и прилозите врзани за активностите на одделението објавени во печатот. Одделението својата дејност ја презентира со учества на стручни и научни собири, а и преку телевизиските медиуми со бројни гостувања во културни, едукативни и популарни емисии. На овие јавни настапи особен акцент бил ставан на историските експонати преку кои се прикажува историјата на градот Скопје.