Замислата да се формира градски музеј на Скопје се појавила во триесетите години на XX век, најнапред како одделение на Градската општина во составот на т.н. Музеј на Јужна Србија во Скопје
По 1945 година, во Скопје како главен град на Народна Република Македонија, созреваат условите за формирање на градски музеј, кој ќе го собира, заштитува и проучува културното наследство на градот и неговата околина. Во 1949 година, Градскиот Народен одбор на Скопје (ГНО) го основал Народниот музеј на град Скопје. Основач било Општинското собрание на град Скопје, а прв директор била назначена Блага Алексова (1949-1950).
Официјалното отворање на Музејот било планирано за 11 октомври 1951 година, со отворањето на постојана изложбена поставка по повод десет години од антифашистичкото востание во Македонија.
Советот за народна просвета и култура при Извршниот одбор при ГНО - Скопје, формирал Стручна комисија со цел за извршување на тековни стручни работи во состав:
- Димче Коцо, декан на Филозофскиот факултет и Блага Алексова, асистент при Археолошкиот музеј - Скопје, одговорни за тематиката од областа на историјата на уметноста;
- арх. Борис Чипан, директор на Републичкиот завод за заштита на спомениците на културата - Скопје, одговорен за урбанистичкиот развој на градот;
- Душанка Вучковиќ, директор на Археолошкиот музеј - Скопје, одговорна за археолошкото одделение;
- Томо Томоски, асистент на катедрата по национална историја при Филозофскиот факултет - Скопје, одговорен за историското одделение при Музејот;
- Лазар Личеноски, уметник, задолжен за уметничката страна на Музејот;
- Рада Поленаковиќ, кустос во Етнолошкиот музеј - Скопје, одговорна за етнолошкото одделение.
Воедно, во 1949 година, бил формиран и Одбор при Градскиот Музеј - Скопје, во состав Петра Гоцкова, асистент при Народен музеј на град Скопје, Загорка Дуковска, началник на Одделението за култура и уметност при ГНО - Скопје и Ацо Петровски, претседател на Филмскиот уметнички совет “Вардар Филм” - Скопје. Одборот имал задолжение да ја подготви и реализира планираната постојана изложбена поставка и да ги приведе кон крај подготовките за отворање на Музејот.
Во следните две децении Музејот бил соочен со проблеми за добивање на соодветна зграда што ќе одговара на музејските потреби. Од 1949-1952 година, Музејот бил сместен во просториите на тогашното Поверенство за наука и култура при ГНО - Скопје. Од 1952-1956 година, Музејот бил преселен во привремената административна зграда која се наоѓала зад Средното техничко училиште, во близина на Градскиот парк, користејќи две канцеларии и два магацина. Со тоа, Музејот бил вратен на почетните позиции без своја зграда, која била еден од условите за вршење на музејската дејност во целост. За целото тоа време, собраниот музејски материјал бил сместен во несоодветни простории во разни магацини низ градот. На почетокот на 1956 година Музејот бил вселен на првиот кат од зградата на некогашната Турска телеграфана т.е. Пошта. Во 1962 година, Музејот добил можност да се прошири и да го добие целиот втор кат од зградата за што бил изработен проект за адаптација на просторот, во кои подоцна биле реализирани четири тематски изложби: “Скопје низ ликовни творби”, “Амбиент на турска соба”, “Ликовното творештво на Нерези” и “XII Народноослободителна бригада”.
* * *
Од основањето на Музејот, па сî до 1963 година, кога бил формиран Заводот за заштита на спомениците на културата на град Скопје, недвижните културно-историски споменици (вкупно 78) што се наоѓале во регионот на град Скопје, биле непосредно раководени од Народниот музеј на град Скопје. Освен на правната заштита на спомениците, стручните лица работеле и на собирање податоци, стручно-научна обработка на спомениците, фото документирање и др.
Во земјотресот од 26 јули 1963 година, музејската зграда била онеспособена за понатамошно користење, при што биле оштетени постојаните музејски експозиции и дел од музејскиот материјал
Веднаш по земјотресот најголемиот дел од музејскиот материјал бил евакуација во Задругарскиот дом во с.Рашче, во побезбедни услови Во новонастанатите услови, вработените во Музејот работеле на отворен простор под шатори, а повремено вршеле контрола на евакуираниот музејски материјал. Активностите биле насочени на терен, во самиот град и во неговата околина на собирање на музејски предмети, за што се проверувале оштетените згради кои требало да бидат урнати, фотографирање и документирање на разурнатите и оштетените објекти и животот на граѓаните во вонредните услови настанати по земјотресот.
Во текот на 1964 година, на Музејот му бил доделен празен плац за поставување привремен монтажен објект зад Скопскиот истражен затвор во близина на Скопската Тврдината. По претходно изработен проект за адаптација, просторот бил приспособен за вршење на различни музејски функции. Во депото на бараката биле сместени претходно евакуираните музејски материјали. За магацински простор биле користени подрумските простории од зградата на блискиот разурнат истражен затвор.
Како резултат на стручните истражувања до 1964 година, Музејот почнал со издавање на годишен Зборник, и со издавање на повремени публикации, книги и каталози од изложби.
По привременото решавање на просторните услови, во 1965 година, Народниот музеј на град Скопје бил преименуван во Музеј на град Скопје.
Конечно, во 1966 година со јавна дискусија било решено преостанатиот дел од зградата на Железничката станица да се санира и адаптира за потребите на Музејот на град Скопје. На 31 август истата година, Работната заедница усвоила Инвестициона програма за изградба на Музејот на град Скопје со одделение “26 Јули 1963”.
Заради промени во урбанистичкиот план на градот, во 1967 година, Музејот бил дислоциран во барака во населбата Ѓорче Петров.
На 5 октомври 1968 година, започнала санацијата и адаптацијата на објектот на Железничката станица. Изведувач било градежното претпријатие “Пелагонија”. Идејниот и главниот проект го изработил дипл.инж.арх. Светислав Петровиќ од Републичкиот завод за урбанизам и станбено-комунална техника - Скопје. На објектот активно се работело од декември 1968 до јули 1970 година. Надворешниот изглед на зградата со урнатината од објектот бил зачуван во целост, со тоа што постоечкиот објект бил технички зацврстен и саниран. На зградата била додадена армирана бетонска конструкција која можела да издржи земјотрес од 90 по Меркалиевата скала.
Адаптацијата на објектот на Железничката станица во музејски објект, будно била следена од јавноста, особено од секојдневниот печат кој известувал за овој значаен настан.
Адаптираната музејската зграда имала вкупно корисна површина од 4.670 м2, од кои 2.283 м2 припаѓале на изложбен простор со свечена сала. Во западното крило од објектот од страна на хрватскиот архитект Ѓука Кавуриќ бил проектиран современ изложбен простор за постојани поставки преку систем на вградени монтажни рамки поврзан со коси мостови. Во останатиот простор биле сместени административниот дел, депоата, фото и техничката лабораторија.
Со адаптацијата на зградата на Железничката станица, биле трајно решени просторните проблеми на Музејот на град Скопје со што бил добиен современо уреден објект кој овозможил вршење на музејската дејност во целост.
Прва прилика пошироката јавност да ја запознае адаптираната зграда ставена под заштита со статус на споменик на културата, се укажала на 11 октомври 1971 година, со отворањето на тематската изложба “Скопје 1941” по повод 30 години од почетокот на револуцијата во Скопје.
На 13 ноември 1974 година, на денот на одбележувањето на ослободувањето на Скопје и по повод 25 годишнината од основањето на Градскиот музеј, со изложба “30 години слободно Скопје” и изложбата “Напоредни фотографии - Старо и Ново Скопје”, како дел од постојаната музејска поставка, Музејот на град Скопје свечено бил отворен за широката културна јавност. На свеченото отворање присуствувале највисоки државни и партиски функционери, културни и јавни работници и други поканети гости.
Во април 1975 година, врз остатокот од разурнатиот дел на источната фасада на зградата, била аплицирана површина на која е испишан цитатот од изјавата на Ј.Б.Тито, претседател на СФРЈ, дадена во Скопје на 27 јули 1963 година, во врска со катастрофалниот земјотрес и изградбата на Скопје.
Во 70-те и 80-те години на XX век, во МГС особено бил ставен акцент на презентирање на историски изложби со тематика од НОБ и социјалистичката изградба - постојана тематска изложба “Скопје некогаш и денес” (1976); надополнета поставка “Скопје во НОВ”(1979) и други. Музејот на град Скопје во истиот период биле отворени три меморијални музеи поврзани со значајни историски настани за градот Скопје од периодот на НОВ (1941-1944): Спомен куќа на Покраинскиот комитет на КПЈ за Македонија - Меморијален музеј на ПК на КПЈ за Македонија, Спомен - соба на XII-та македонска скопска ударна бригада во с. Количани, скопско и Меморијален музеј на илегалната работилница за изработување на оружје за време на НОВ (1941-1944).
90-те години на XX век се во знакот на засилен развој на галериската дејност во МГС, како и со отворањето на Галеријата на Љубомир Белогаски и на Графичкото студио. Во Музејот свое место за презентирање нашле голем број домашни и странски еминентни имиња од областа на современата уметност од сите генерации уметници.
Посебно ја нагласуваме соработката на МГС со музеите и галериите во градовите збратимени со градот Скопје со кои врши богата културна размена, особено со градовите во Германија најмогу со Нирнберг и со Дрезден, со Крајова во Романија, со Брадфорд во Англија и со Маниса во Турција. Соработката на МГС со многу градови во светот е една од клучните перспективи за идниот развој на Музејот.
При формирањето на Музејот на град Скопје, во 1949 година работело само едно стручно лице, кое покрај грижата за недвижното културно наследство на градот, работело и на решавање на организаторските проблеми и собирање на музејскиот материјал. Од 1951-1956 година, во Музејот постепено се зацврстувала кадровската база. Биле вработени етнолог, историчар на уметноста и историчар кои почнале да ја развиваат активно музејската дејност. Дејноста на Музејот, работата и работните задачи на вработените стручни кадри, биле одредени со Законски прописи, кои го сочинувале Статут и други општи нормативни акти.
Развојот и физиономијата на Музејот често биле под влијание на затекнатиот профил на кадри. Кон крајот на 1969 година се формира одделението за музејска документација, а од 1971 година делува заедно со музејската библиотека.
Конзерваторско-реставраторското одделение, со соодветен стручен кадар, било комплетно опремено со најсовремени апарати за конзервација на музејските предмети во тој период.
Од 1973 година во Музејот работи интегрирана фото лабораторија со тројца фотографи, и современа техничка опрема.
Иако формално педагошко-пропагандното одделение постоело од основање на Музејот. Дури од 1975 година, започнало активно со работа, кога бил вработен еден кустос - педагог и еден водич. Во Музејот, особено во амбиентите на историските изложби, се одржувале историски часови каде свои искажувања имале познати личности - учесници во НОВ и истанати општествени личности.
Од самите почетоци на Музејот сé до денес, кустосите посветуваат внимание на примената на современата музеологија како значаен сегмент во работењето на Музејот и на стручниот кадар во него. Кустосите во минатото биле активни во Друштвото на музејските работници на СР Македонија и во Сојузот на музејските друштва на Југославија. Денес ваквата активност се одвива во рамките на Македонскиот национален комитет на Меѓународниот совет на музеите (МНК ICOM).
Денес Музејот е современа установа која остварува богата културнонаучна и истражувачка дејност од областа на археологијатаљ, историјата, етнологијата и историјата на уметноста. Непосредниот допир со артефактите и можностите за нивно истражување од страна на кустосите овозможуваат напредок не само на современите музеолошки пристапи до музејскиот материјал, туку доведува и до успешна презентација на истите.
Денес во Музејот работат 53 лица. Бројот на стручните лица од ден на ден се зголемува со што расте можноста од ширење на музејската дејност на МГС и можности за натамошна перспектива.
Музејот располага со: изложбен простор - 1500 м2, депои - 470 м2, канцеларии - 335 м2 и лаборатории - 209 м2.